昨年は卒論の執筆を先延ばしにしてきた1年で，2019年になってから急いで書き上げて1月7日に提出期限ギリギリに提出することになりました…
そんなときに本当に助かったのがRmarkdownからpdfでknitする機能です。
Rで出力した図表をwordに手動で貼り付けたりしてたら面倒ですからね。
研究の試行錯誤の期間はRmarkdownからHTMLで試行錯誤の過程のメモを残すようにしておいて，論文にするときはそれらのメモのRmarkdownを統合してpdfに出力する感じでした。とっても楽でした。
今回はRmarkdownからpdfに出力するときの自分用テンプレート，あるいは「基本操作まとめ」みたいなものを作ったのでここに載せておきます。
pdf出力用テンプレート
①コードを実行して出てくるpdf，②コード，の順に載せます（コードが長いので）
コードを実行して出てくるPDF
PDFがこちら。
画像で一部抜粋するとこんな感じです
コード
コード内にコメントを沢山のせているのでコードを見ればPDF出力するときの基本的な書き方（図表番号の参照とか脚注とか）がわかるかとおもいます。
参考文献
R Markdown Reference Guide - RStudio
https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdfOptions - Chunk options and package options - Yihui Xie | 谢益辉
https://yihui.name/knitr/options/まだ Word で消耗してるの？ 大学のレポートを Markdown で書こう - Qiita
https://qiita.com/Kumassy/items/5b6ae6b99df08fb434d9- MarkdownをPandocで変換する際に使える様々な機能がまとめられている
Pandoc ユーザーズガイド 日本語版 - Japanese Pandoc User's Association
http://sky-y.github.io/site-pandoc-jp/users-guide/RmdからPDF作成時の図表番号の自動付与と参照方法 – masaR web
http://mtokuoka.net/2017/04/22/rmd%E3%81%8B%E3%82%89pdf%E4%BD%9C%E6%88%90%E6%99%82%E3%81%AE%E5%9B%B3%E8%A1%A8%E7%95%AA%E5%8F%B7%E3%81%AE%E8%87%AA%E5%8B%95%E4%BB%98%E4%B8%8E%E3%81%A8%E5%8F%82%E7%85%A7%E6%96%B9%E6%B3%95/
knitr::kable()の拡張は{kableExtra}などを使う。以下の記事なども参考になる
- knitr to PDFでの複雑なテーブル（行グループのタイトルを追加する） - Qiita
https://qiita.com/naru-T/items/ff8cf00d2c9eb38671a1
{DiagrammeR}のグラフはHTML出力でしか使えないが，graphvizかなんかをインストールしてターミナルからdot言語をグラフに変換する方法がある模様。
- cannot output any DiagrammeR graph to a pdf file through knitr · Issue #133 · rich-iannone/DiagrammeR · GitHub https://github.com/rich-iannone/DiagrammeR/issues/133
