どうやるのかちょっと悩んだのでメモ。
交差項
交差項等を作りたいときはmodel.matrix()を使うといいようです。
object引数にformulaを指定して，変数名を*でかけ合わせて交差項を作ります。
library(tidyverse)
model.matrix(object = ~ Sepal.Length * Sepal.Width, data = iris) %>% head()
## (Intercept) Sepal.Length Sepal.Width Sepal.Length:Sepal.Width
## 1 1 5.1 3.5 17.85
## 2 1 4.9 3.0 14.70
## 3 1 4.7 3.2 15.04
## 4 1 4.6 3.1 14.26
## 5 1 5.0 3.6 18.00
## 6 1 5.4 3.9 21.06
切片を除く
-1を入れれば切片は作られません
model.matrix(object = ~ -1 + Sepal.Length * Sepal.Width, data = iris) %>% head()
## Sepal.Length Sepal.Width Sepal.Length:Sepal.Width
## 1 5.1 3.5 17.85
## 2 4.9 3.0 14.70
## 3 4.7 3.2 15.04
## 4 4.6 3.1 14.26
## 5 5.0 3.6 18.00
## 6 5.4 3.9 21.06
もっと多数の場合
「手持ちのデータセットのうち，2つの変数の交差項だけを，すべての変数について組み合わせる」というようなことをやりたい場合は次のようにやればよさそうです。
colnames_df <- expand.grid(colnames(iris), colnames(iris))
fmla <- as.formula(str_c("~ -1 + ", str_c(colnames_df[,1], " * ", colnames_df[,2], collapse = " + ")))
> fmla
## ~-1 + Sepal.Length * Sepal.Length + Sepal.Width * Sepal.Length +
## Petal.Length * Sepal.Length + Petal.Width * Sepal.Length +
## Species * Sepal.Length + Sepal.Length * Sepal.Width + Sepal.Width *
## Sepal.Width + Petal.Length * Sepal.Width + Petal.Width *
## Sepal.Width + Species * Sepal.Width + Sepal.Length * Petal.Length +
## Sepal.Width * Petal.Length + Petal.Length * Petal.Length +
## Petal.Width * Petal.Length + Species * Petal.Length + Sepal.Length *
## Petal.Width + Sepal.Width * Petal.Width + Petal.Length *
## Petal.Width + Petal.Width * Petal.Width + Species * Petal.Width +
## Sepal.Length * Species + Sepal.Width * Species + Petal.Length *
## Species + Petal.Width * Species + Species * Species
このformulaをmodel.matrix()に入れます
origin_dumy_interact <- model.matrix(object = fmla, data = iris)
origin_dumy_interact %>% as_data_frame() %>% glimpse()
## Observations: 150
## Variables: 21
## $ Sepal.Length <dbl> 5.1, 4.9, 4.7, 4.6, 5.0, 5.4,...
## $ Sepal.Width <dbl> 3.5, 3.0, 3.2, 3.1, 3.6, 3.9,...
## $ Petal.Length <dbl> 1.4, 1.4, 1.3, 1.5, 1.4, 1.7,...
## $ Petal.Width <dbl> 0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.4,...
## $ Speciessetosa <dbl> 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,...
## $ Speciesversicolor <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
## $ Speciesvirginica <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
## $ `Sepal.Length:Sepal.Width` <dbl> 17.85, 14.70, 15.04, 14.26, 1...
## $ `Sepal.Length:Petal.Length` <dbl> 7.14, 6.86, 6.11, 6.90, 7.00,...
## $ `Sepal.Length:Petal.Width` <dbl> 1.02, 0.98, 0.94, 0.92, 1.00,...
## $ `Sepal.Length:Speciesversicolor` <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
## $ `Sepal.Length:Speciesvirginica` <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
## $ `Sepal.Width:Petal.Length` <dbl> 4.90, 4.20, 4.16, 4.65, 5.04,...
## $ `Sepal.Width:Petal.Width` <dbl> 0.70, 0.60, 0.64, 0.62, 0.72,...
## $ `Sepal.Width:Speciesversicolor` <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
## $ `Sepal.Width:Speciesvirginica` <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
## $ `Petal.Length:Petal.Width` <dbl> 0.28, 0.28, 0.26, 0.30, 0.28,...
## $ `Petal.Length:Speciesversicolor` <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
## $ `Petal.Length:Speciesvirginica` <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
## $ `Petal.Width:Speciesversicolor` <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
## $ `Petal.Width:Speciesvirginica` <dbl> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,...
できました。交差項だけでなく，交差項に使った元の変数も（factor,characterはダミー変数化されて）入っていますね。
交差項だけ取り出したい場合は":"でselectすればいいし，このまま使っても良い‥という感じですね。
留意点
ただ，留意点はmodel.matrix()がna.omit()のようなNAのリストワイズ除去も行ってしまう点ですね…。
一応，出力されるmatrixのrownamesを使えば何行目が除去されたかがわかるので，この情報を使えば他のデータと行を合わせることは容易にできます。
２乗項
ダミー変数や数値でない変数を避けつつ2乗項をつくります。
model.matrix()のように一発でやってくれる関数を知らないため，自作関数をselect_if()やmutate_all()やrename_all()に通していくことで処理してみます。
is_more_than_2_level <- function(x){
is_more_than_2_level = unique(x) %>% na.omit() %>% length() > 2
return(is_more_than_2_level)
}
as_quadratic_term <- function(x){
x^2
}
name_add_sqr <- function(name) {
newname <- str_c("sqr_",name)
return(newname)
}
quadratic_terms <- iris %>%
select_if(is_more_than_2_level) %>% select_if(is.numeric) %>%
mutate_all(as_quadratic_term) %>%
rename_all(name_add_sqr)
> head(quadratic_terms)
## sqr_Sepal.Length sqr_Sepal.Width sqr_Petal.Length sqr_Petal.Width
## 1 26.01 12.25 1.96 0.04
## 2 24.01 9.00 1.96 0.04
## 3 22.09 10.24 1.69 0.04
## 4 21.16 9.61 2.25 0.04
## 5 25.00 12.96 1.96 0.04
## 6 29.16 15.21 2.89 0.16
できました。
